Børnene ved sundet foregår i det besatte Danmark i 1943, hvor især de danske jøder må flygte fra Danmark til Sverige, idet Hitler og Gestapo er lige i hælene på dem.

Hovedpersonerne er to børn på 11 og 13 år, Trine og Flemming. De bor hos hver sin tante i Snekkersten på Strandvejen. Efter at have hjulpet adskillige flygtninge til Sverige må også de flygte til landet på den anden side af Sundet